转基因育种技术与传统育种技术在本质上一脉相承，两者的本质都是通过改变基因及其组成获得优良性状。
转基因育种技术与传统育种技术也有区别，传统育种一般只能在生物物种内个体上实现基因转移，操作对象是整个基因组，不能准确地对某个基因进行选择，选育周期长，工作量大，杂交后代的表型不可预测。转基因育种的优势在于可以打破物种界限，拓宽了遗传资源的利用范围，实现已知功能基因的定向高效转移，使生物获得人类需要的特定性状，为高产、优质、抗逆农业生物新品种培育提供了新的技术途径。
这种基于对基因进行精确定向操作的育种方法，效率更高，针对性更强。例如，转基因抗虫棉就是将苏云金芽孢杆菌中的杀虫蛋白基因转移到棉花中，使棉花获得抗棉铃虫特性，减少农药使用，实现稳产增产、提质增效；耐草甘膦大豆就是将自然界中分离的耐草甘膦基因转入大豆，从而在使用灭生性除草剂草甘膦除草时就能够做到只除草而不危及大豆，既增加了种植密度，有效去除杂草，又能降低劳动强度和除草成本，从而能够提高大豆种植效益。
