打好种业翻身仗，离不开农业基因。为了更好地服务现代生物育种，助力种业自立自强，2017年，由科研院所、高等院校、农业龙头企业等100多家单位组成的国家农业基因组科技创新联盟（以下简称联盟）成立。
在杂交马铃薯育种上，联盟利用基因组编辑的方法解决了限制二倍体马铃薯育种障碍，建立杂交马铃薯的基因组设计育种流程，对马铃薯育种方式进行颠覆性创新。
在番茄育种上，联盟单位进行变异组图谱和表型性状关联分析，绘制美味番茄基因组设计路线，借此找回了番茄育种中“丢失的遗传力”，为解析生物复杂形状的遗传机制提供了新思路。
马铃薯和番茄的育种创新离不开联盟建立起的共享共建平台。基因组所和国家基因库超算平台作为联盟重要的技术支撑平台，以实现大规模农业生物信息学计算为中心任务，推动形成农业海量生物组学大数据储存、整合与挖掘研究体系，为实现农业生物大数据的深度挖掘奠定基础。超算平台实行开放式共享原则，实行独立核算，建立成本核算和服务收费管理机制，已为60余家联盟成员单位生物学研究提供集群建设和支持、数据分析、生物信息数据库开发、高性能计算、计算加速和海量存储服务。
联盟针对农业生物组学开发了一系列算法和软件，广泛用于联盟成员及合作者的科学研究。例如开发用于基因组、变异组等组学数据的深入挖掘与整合分析；开发多款深度学习模型等。这一系列措施实现了联盟成员组学技术的共享，解决了水稻核心种质资源测序、番茄风味测序研究、二倍体马铃薯全基因组组装、茶树基因组组装等众多农业物种组学分析的瓶颈问题，大幅度提高了联盟单位研究效率。
