种子法此次修改的重点在于加强种业知识产权保护。为此，扩大了植物新品种权保护范围及保护环节，建立了实质性派生品种制度，这对保护育种者权利、激励原始创新、破解品种同质化问题，意义重大。推进实质性派生品种制度实施，要将制度效能转化为治理效能，切实发挥法治在种业振兴中的保障作用。
第一，建议尽快出台认定标准。新种子法对实质性派生品种定义作出授权性规定，“实质性派生品种制度实施的步骤和办法由国务院规定”。根据种子法及UPOV1991文本第14条第5款的规定，实质性派生品种具有以下特征特性的：第一，派生品种与原始品种有明显的区别。第二，派生品种从原始品种实质性派生，或者是从该原始品种的实质性派生品种产生，同时保留了表达由原始品种基因型或者基因型组合产生的基本特性。第三，除了派生引起的个别性状差异外，派生品种与原始品种基因型或基因型组合产生的基本性状相同（高度一致）。
实践中，是否是实质性派生品种，通常多采用遗传相似系数法（阈值）判定。阈值的确定十分复杂，需要结合测试方法和表型特征等因素进行综合判断。应尽快从我国实际出发，建立实质性派生品种名录，对水稻、小麦等主要农作物出台认定标准，建立符合我国国情的动态阈值标准体系，分类分步实施。
第二，建立争议解决机制。从国外情况看，原始品种育种者与派生品种育种者之间发生争议，首先进入协商和调解程序；如果协商不成，则根据国际种业联盟（ISF）争端解决程序规则进行仲裁。值得注意的是，截至2021年5月，ISF实质性派生品种仲裁庭处理的案件数量为零，相关争议在协商和调解阶段得以解决。
在举证责任方面，依据ISF所发布的《关于实质性衍生品种争议的仲裁规则》，在认定实质性衍生品种时，原始品种的育种者需承担举证责任，证明派生品种存在以下情形之一：一是存在极高的植物表型相似性；二是在某些继承特征方面只有很小的差异；三是极高的遗传相似性。如果派生品种超过临界阈值，举证责任将转移至可能是实质性派生品种的育种者。可利用第三方机构借鉴域外有关做法，建立实质性派生品种的争议解决机制。
第三，加大行政执法力度。新种子法加大了对侵犯植物新品种权行为的打击力度：一是落实知识产权侵权惩罚性赔偿制度，对故意侵犯植物新品种权的行为加大了惩罚性赔偿数额；二是加大对生产经营假、劣种子的处罚力度，提高了对生产经营假种子和劣种子行为的罚款数额。
对通过模仿、修饰性育种侵害原始品种权人权利的行为加大惩处力度。当前，农业综合行政执法改革已经取得显著成效，全国各地农业综合执法机构围绕党中央、国务院决策部署和农业农村部党组中心工作，以种业等领域为执法重点，加大违法案件查处力度，效果明显。2021年7月1日全面修订后的《中华人民共和国行政处罚法》实施，农业农村部《农业行政处罚程序规定》也于同年12月公布，为进一步强化执法提供了制度基础。
